同为侍卫上直军，锦衣卫和旗手卫地位格外特殊，所以专门开个单章讲一下。
普遍来说，在大明军制之中，地方都司次于京营，京营又次于侍卫亲军，侍卫亲军中又以锦衣卫和旗手卫为尊。
以千户为例，地方都司仅为从六品，而京营千户则为正六品，侍卫亲军千户则为从五品，而锦衣旗手千户则为正五品。
需要特别说明的是，锦衣卫作为剥离出的专门情报机构，因其遍布全国编制巨大，所以其在京千户为从四品，指挥佥事为正四品，指挥同知为从三品，整体上比旗手卫要高一级。
下面，是关于两卫的相关设定。
一、锦衣卫
自仁宗嘉德年间以后，二百年来锦衣卫不设指挥使，南北二司各有指挥同知统领。
1、北镇抚司
【指挥同知】（从三品）
全面负责北镇抚司情报事宜，有案牍、消息、考选、钱帛四司直属，可直接向皇帝汇报情况。
【左指挥佥事】（正四品）
分管南城、西城两个在京千户所，以及湖北、金陵、浙江、江南、湖南、贵州、云南、安南、广西、广东、福建、台湾十二个千户所。
【右指挥佥事】（正四品）
分管东城、西城两個在京千户所，以及甘肃、四川、陕西、河南、山东、江北、河北、山西、朔方、燕山、辽东
【千户所】
在京和地方千户所，设置基本是相同的。
千户所一般直辖两个百户所，分别为提刑百户所和掌刑百户所，直接由千户本人掌管。
其余百户所，则由两名副千户分别管理，安排一应工作事务。
2、南镇抚司
【指挥同知】（从三品）
全面负责南镇抚司一切事宜，有案牍、消息、考选、钱帛四司直属，可直接向皇帝汇报情况。