统帅部下属：陆军本部，海军本部，空军本部，海忍村，辅助军团。
军政部下属：陆军军政司，海军军政司，空军军政司，战争军事学院，三军本部军校，忍界五大综合忍者高等学院，五大专科忍者高等学院。
参谋部下属：参谋一司，参谋二司，参谋三司，战功统计司。
【审判院】
下属司法岛，最高法院，司法部，警政部。
最高法院下属：法巡庭，法官庭，法才庭。
司法部下属：监狱管理署，改造司，推进城海底监狱，巴尔迪哥白土监狱，以及其他中小型监狱。
警政部下属：公安司，宪警局，赏金研究署。
【宣政院】
下属宣传部，科学院，铁道部，外务部，历史研究部，万界百强战力大赛主办部。
宣传部下属：新闻署，传媒署，版权署，荣誉司，漫画司。
科学院下属：生化研究院，材料研究院，船舶研究院，炼金研究院，武器研究院，能源研究院，机械研究院，潜艇研究院，航空研究院，气象研究院，空间研究院。
铁道部下属：列车司，红土大陆甲铁城铁路系统。
外务部下属：加盟国事务司，非加盟国审核司。
历史研究部下属：学园都市奥哈拉大图书馆，历史正文处理司。
【CIPHERPOL总部】
下属CIPHERPOL-AIGIS0，CIPHERPOLNo.9-CIPHERPOLNo1，冠昊岛。
【阎罗院】
下属黄泉城，冥军总部，灵子研究院。
管辖海星冥界，卡巴内冥界，鬼灭冥界，巨人冥界，帝具冥界，零魔冥界。
【半官方组织】
御刀斋，名刀镇，阴阳寮，魔法师协会，冒险者协会，厨师协会。